Como co-responsable del proyecto científico que estudia los yacimientos arqueológicos de la sierra de Atapuerca, en Burgos, Bermúdez de Castro ha colaborado en la realización de un programa paralelo de divulgación de conocimientos sobre la prehistoria y la evolución humana. Este programa ha sido totalmente altruista y con un doble objetivo. Por un lado, contribuir a un mejor conocimiento de nuestra especie, intentando crear un estado de autoconciencia de quiénes somos y de nuestra responsabilidad en el futuro de la humanidad. Pero también buscar el bienestar de la sociedad, promocionando elementos culturales de primera magnitud, como la Fundación Atapuerca, el Museo de la Evolución Humana de Burgos o el Centro Nacional de Investigación sobre la Evolución Humana, también en Burgos.
En este último objetivo, Bermúdez de castro ha contribuido de manera proactiva influyendo en las decisiones de quienes manejan los recursos, pero la labor fundamental de proporcionar información científica de manera continuada para alimentar el proceso. Para ello, ha sido necesario traducir esa información a un lenguaje asequible, que pudiera ser comprendido por todo el mundo. Además, Bermúdez de Castro ha participado en la propia gestión del proceso, asumiendo la dirección del Centro Nacional de Investigación sobre la Evolución Humana entre 2004 y 2012, además de participar de manera continuada en la gestión de la Fundación Atapuerca desde su creación en 1999.
El resultado ha sido la creación de un complejo cultural basado en la evolución de la humanidad, que se ha traducido en el enriquecimiento cultural y material de la comunidad humana que vive en la región de influencia de los yacimientos.